Francisco Mugica Garmendia Pakito avait intégré ETA dès son adolescence. Après l’opération Ogro qui me 20 décembre 1973 avait couté la vie à l’amiral Carrero Blanco à Madrid et aux préparatifs duquel il avait participé il était passé en Iparralde (Pays basque français) avant d’être chargé de ETA à Mondragon (Guipuzcoa) où la police l’accusa de plusieurs attentats contre la Guardia Civil. En 1974 il fut membre du comité exécutif d’ETA politico militaire et des commnados Bereziak.
A l’été 1976, après la chute du franquisme, alors que des négociations avaient lieu avec le gouvernement socialiste d’Adolfo Suarez pour l’abandon de la lutte armée, abandon auquel les commandos Bereziak étaient opposés, il fut accusé avec Miguel Angel Apalategi Apala d’être impliqué dans la disparition de Eduardo Moreno Bergaretxe Pertur, un dirigeant critique de ETA politico militaire. Francisco Mugica tout comme Apala nièrent toujours une implication dans cette disparition attribuée aux commandos anti-ETA.
Il fut ensuite membre de ETA militaire puis à partir de 1985 de la direction de ETA et le responsable de très nombreux attentats. Arrêté le 29 mars 1992 à Bidart avec José Luis Alvarez Santacristina Txelis et José Maria Arregi Erostarbe Fitipaldi, il fut condamné en France le 19 juin 1977 à 10 ans de prison. Extradé en Espagne en février 2003, il fut condamné le 2 juin 2003 à plus de 2000 ans de prison. En août 2004 il fut le signataire avec 5 autres militants d’une lettre à la direction de ETA demandant la fin de la lutte armée, ce qui entraîna, en juillet 2005, leur exclusion de l’organisation.