Militant de la FAI et de la CNT de San Sebastian, Isaac Goñi Espallargas participa activement à la résistance au coup d’Etat franquiste de juillet 1936, notamment avec Tejedor et Moises Martin. Il fut ensuite nommé au Commissatiat provincial du travail d’Euskadi aux cotés de Manuel Chiapuso Hualde et Labari et fut le trésorier et secrétaire général du Syndicat de métiers divers (SOV) de la CNT de San Sebastian. Puis il combattit sur le front nord où il fut lieutenant d’une campagnie dans le Bataillon Castilla, puis dans les Bataillons Internacional et Isaac Puente. Lors de la chute du front nord il était fait prisonnier à Santander. Interné dans les camps de concentration de Corban, San Juan de Mozarrifar et Miranda, il fut ensuite affecté à un bataillon disciplinaire à Oviedo. Libéré pendant la segonde guerre mondiale, il participa alors à des missions d’espionnage, sans doute en liaison avec les alliés. En avril 1947, Isaac Goñi Espallargas passait en France où il arrivait à Saint-Jean-de-Luz.